Die Finanzkontrolle überprüft die gesamte Haushaltsführung der Stadt Zürich. Das umfasst unter anderem die Prüfung der Jahresrechnung der Stadt Zürich sowie der Detailrechnungen einzelner Dienstabteilungen. Zu den Kernaufgaben gehören zudem die Revision in den Bereichen IT, Bau oder HR. Gleichzeitig unterstützt die Finanzkontrolle den Stadtrat und den Gemeinderat im Rahmen ihrer Aufsichtspflichten. Weiter ist sie eine offizielle Anlaufstelle für Whistleblowing in der Stadt Zürich.

Die Finanzkontrolle ist eine verwaltungsunabhängige Behörde.